Proč používáme negativní kontrolu v PCR?

Proč používáme negativní kontrolu v PCR?
Anonim

Odpovědět:

Viz. níže

Vysvětlení:

PCR pracuje s templátovou DNA. Řekněme, že testujete na HIV (HIV je RNA virus, ale když jde do buňky, dostane se do DNA …. takže v infikované buňce bude HIV DNA). Používané primery vytvoří produkt (amplikon), který odpovídá části HIV DNA. Pokud vidíte tento amplikon, pak máte přítomnou sekvenci HIV ….. ale pokud nemáte negativní kontrolu, můžete mít kontaminaci.

PCR je extrémně senstitivní. Existuje mnoho řešení používaných v PCR (voda, pufr, dNTPs, enzym) … a všechny z nich mohou být snadno kontaminovány DNA z jiných vzorků, nebo dokonce z amplikonu, který byl vyroben v reakci, kterou jste včera provedli. Takže pokud máte vzorek DNA pacienta X a kontrolujete HIV pomocí PCR, PCR primery mohou z produktu DNA pacienta X odebrat produkt z DNA DNA pacienta X (pokud má tato osoba HIV), nebo může dojít k jeho vyřazení z DNA. kontaminace. Ale nemůžete říct, zda je to z kontaminace nebo z HIV v DNA pacientů.

Takže provozujete kontrolu vody. Trubice 1 umístíte všechny složky reakce a pro DNA přidáte pouze vodu. To je negativní kontrola. Nic by se zde nemělo zesilovat. Ve zkumavce 2 vložíte všechny reakční složky a DNA pacienta X. Pokud zde dostanete produkt (a nic v Tube 1), pacient X má pravděpodobně DNA DNA ve své DNA. Pokud dostanete výrobek v trubce 1 i trubce 2, máte problém s kontaminací a nemůžete zjistit, zda HIV ve vzorku pacienta pochází z nemoci nebo z kontaminace.

Takže vždy používáte kontrolu vody (voda namísto DNA).